Biyolojideki araştırma yöntemleri listesi

Biyolojide araştırma yöntemleri listesi, biyolojinin çeşitli dallarında kullanılan araştırma yöntemleriyle ilgili maddelerin bir dizinidir.

Araştırma tasarımı ve analizi[değiştir | kaynağı değiştir]

Araştırma tasarımları[değiştir | kaynağı değiştir]

Araştırma tasarımı	Açıklama	Potansiyel analiz
Gruplar arası tasarım	Her biri aynı anda farklı bir test faktörü tarafından test edilen iki veya daha fazla denek grubuna sahip deney	Tek anakütle ortalaması için parametrik hipotez sınaması, Varyans analizi, Mann-Whitney U testi
Tekrarlanan ölçümler tasarımı	Aynı değişkenin aynı veya eşleştirilmiş denekler üzerinde farklı koşullar altında veya iki ya da daha fazla zaman diliminde alınan birden fazla ölçümünü içeren bir araştırma tasarımı^[1]	Eşleştirilmiş t-testi, Wilcoxon işaretli sıralar testi

Grafikler ve diyagramlar[değiştir | kaynağı değiştir]

Analiz	Açıklama	Dal
Doz yanıt ilişkisi	Belirli bir maruz kalma süresinden sonra bir uyarıcıya veya stres etkenine (genellikle bir kimyasal) maruz kalmanın (veya dozların) bir fonksiyonu olarak bir organizmanın tepkisinin büyüklüğünü gösteren grafik^[2]	Fizyoloji
Elektroensefalogram	Beyindeki nöronların içindeki iyonik akımdan kaynaklanan voltaj dalgalanmalarını gösteren grafik^[3]	Nörobilim
Elektrokardiyogram	Deri üzerine yerleştirilen elektrotlar kullanılarak kalbin elektriksel aktivitesinin zamana karşı voltaj grafiği^[4]	Fizyoloji
Manhattan plotu	Çok sayıda veri noktası içeren, çoğu sıfır olmayan genliğe sahip ve yüksek genlikli değerlerin dağılımına sahip verileri görüntülemek için kullanılır. Bu çizim, genom çapında ilişkilendirme çalışmalarında (GWAS) önemli SNP'leri görüntülemek için yaygın olarak kullanılır.^[5]	Genetik
Pedigre çizelgesi	Belirli bir genin veya organizmanın ve atalarının fenotiplerinin bir nesilden diğerine oluşumunu göstermek için kullanılır,^[6]^[7]^[8] en yaygın olarak insanlar, gösteri köpekleri^[9] ve yarış atları	Genetik
Filogenetik ağacı	Fiziksel veya genetik özelliklerindeki benzerlik ve farklılıklara dayanarak çeşitli biyolojik türler veya diğer varlıklar arasındaki evrimsel ilişkileri göstermek için kullanılır	Sistematik, Evrimsel biyoloji
Yaş piramidi	Bir nüfusun (tipik olarak bir ülkenin veya dünyanın bir bölgesinin) yaş gruplarına ve cinsiyete göre dağılımını göstermek için kullanılır; nüfus artarken tipik olarak bir piramit şekli oluşturur^[10]	Popülasyon ekolojisi
Punnett karesi	Belirli bir çaprazlama veya ıslah deneyinin genotiplerini tahmin etmek için kullanılır	Genetik

İstatistiksel analizler[değiştir | kaynağı değiştir]

Analiz	Açıklama	Tür
Varyans analizi	Ortalamalar arasındaki farklılıkları analiz etmek için kullanılan istatistiksel modeller ve bunlarla ilişkili tahmin prosedürleri (gruplar arasındaki ve gruplar arasındaki "varyasyon" gibi) koleksiyonu	İstatistiksel model
Ki-kare testi	Test istatistiği boş hipotez altında ki-kare dağılımlı olduğunda gerçekleştirilmesi geçerli olan bir istatistiksel hipotez testi, özellikle Pearson ki-kare testi ve varyantları	Hipotez testi
Mann-Whitney U testi	İki popülasyondan rastgele seçilen X ve Y değerleri için X'in Y'den büyük olma olasılığının Y'nin X'ten büyük olma olasılığına eşit olduğu boş hipotezin istatistiksel hipotez testi	Parametrik olmayan istatistik
Tek anakütle ortalaması için parametrik hipotez sınaması	Test istatistiğinin boş hipotez altında tek anakütle ortalaması için parametrik hipotez sınamasının takip ettiği herhangi bir hipotez testi	Parametrik istatistik

Laboratuvar teknikleri[değiştir | kaynağı değiştir]

Yöntem	Açıklama	Dallar
Agaroz jel elektroforezi	Agarın iki ana bileşeninden biri olan agaroz matrisinde DNA veya proteinler gibi karışık bir makromolekül popülasyonunu ayırmak için kullanılır	Biyokimya, Moleküler biyoloji, Genetik
Hayvan hastalığı modeli	İnsanlardaki hastalık ve bozuklukları araştırmak için kullanılır. Bazı hayvanlar fareler gibi insan benzeri özelliklere sahip olabilirken, diğerleri mürekkep balığı dev aksonu gibi araştırma için ideal özelliklere sahip olabilir	Biyokimya, Nörobilim, Fizyoloji
Biyolojik ablasyon	Biyolojik bir yapıyı veya işlevi ortadan kaldırmak için kullanılır	Genetik, Fizyoloji
Kalsiyum görüntüleme	İzole edilmiş bir hücre, doku veya ortamdaki kalsiyum iyonlarının (Ca⁺²) durumunu optik olarak ölçmek için kullanılır	Fizyoloji
Hücre izolasyonu	Tek tek canlı hücrelerin katı bir doku bloğundan veya hücre süspansiyonundan ayrılması işlemi	Sitoloji
Santrifüjleme	Parçacıkları boyutlarına, şekillerine, yoğunluklarına, ortam viskozitesine ve rotor hızına göre bir çözeltiden ayırmak için santrifüj kuvvetinin kullanılması	Sitoloji, Biyokimya
CRISPR gen düzenleme	Bakteriyel CRISPR-Cas9 antiviral savunma sisteminin basitleştirilmiş bir versiyonuna dayalı olarak canlı organizmaların genomlarını değiştirmek için kullanılır	Moleküler biyoloji
DNA dizileyici	DNA dizileme sürecini otomatikleştirmek için kullanılır	Genetik, Moleküler biyoloji
Enzime bağlı immünosorbent deneyi (ELISA)	Ölçülecek proteine karşı yönlendirilmiş antikorlar kullanılarak sıvı bir numunede bir ligandın (genellikle bir protein) varlığını tespit etmek için kullanılır	Biyokimya, Moleküler biyoloji
Gen nakavtı	Bir organizmanın genlerinden birini çalışmaz hale getirmek ("nakavt etmek") için kullanılır	Moleküler biyoloji, Genetik
İmmün boyama	Bir numunedeki belirli bir proteini tespit etmek için antikor bazlı bir yöntemin kullanılması	Moleküler biyoloji, Biyokimya
Hücre içi kayıt	Bir hücre zarı boyunca voltajı ölçmek için kullanılır	Nörobilim, Elektrofizyoloji
Mikrodizi	Yüksek verimli tarama, minyatürleştirilmiş, çoklanmış ve paralel işleme ve tespit yöntemleri kullanarak büyük miktarlarda biyolojik materyali test etme	Genetik, Moleküler biyoloji
Mikroelektrot dizisi	Nöral sinyallerin elde edildiği veya iletildiği çok sayıda (onlarca ila binlerce) mikroelektrot içeren, esasen nöronları elektronik devrelere bağlayan nöral arayüzler olarak hizmet veren cihazlar	Nörobilim
Mikroskop	Çıplak gözle görülemeyecek kadar küçük nesneleri incelemek için kullanılır	Hücre biyolojisi
Moleküler klonlama	Rekombinant DNA moleküllerini bir araya getirmek ve konak organizmalar içinde replikasyonlarını yönlendirmek için kullanılır.^[11]	Moleküler biyoloji
Northern blot	Bir örnekteki RNA'nın (veya izole edilmiş mRNA'nın) saptanması yoluyla gen ifadesini incelemek için kullanılır.^[12]^[13]	Moleküler biyoloji
Optogenetik	Işığa duyarlı iyon kanallarını ifade etmek üzere genetik olarak modifiye edilmiş nöronları kontrol etmek için ışık kullanır	Nörobilim
Osiloskop	Değişken sinyal voltajlarını, genellikle zamanın bir fonksiyonu olarak bir veya daha fazla sinyalin kalibre edilmiş iki boyutlu bir grafiği olarak grafiksel olarak görüntülemek için kullanılır	Nörobilim, Fizyoloji
Kağıt kromatografisi	Renkli kimyasalları veya maddeleri ayırmak için kullanılır.^[14]	Moleküler biyoloji
Yama kenetleme	Tek tek izole edilmiş canlı hücrelerde, doku kesitlerinde veya hücre zarı yamalarında iyonik akımları incelemek için kullanılır	Elektrofizyoloji, Nörobilim
Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR)	Belirli bir DNA örneğinin milyonlarca ila milyarlarca kopyasını (tam kopya veya kısmi kopya) hızlı bir şekilde oluşturmak için kullanılır ve bilim insanlarının çok küçük bir DNA örneği alıp bunu (veya bir kısmını) ayrıntılı olarak çalışmak için yeterince büyük bir miktara yükseltmesine olanak tanır	Genetik, Moleküler biyoloji
Somatik hücre nükleer transferi	Bir vücut hücresi ve bir yumurta hücresinden canlı bir embriyo oluşturmak için kullanılır	Gelişimsel biyoloji
Southern blot	DNA örneklerinde spesifik DNA dizisini tespit etmek için kullanılır	Moleküler biyoloji
Çapraz test	Bir bireyin homozigot mu yoksa heterozigot dominant mı olduğunu belirlemek için kullanılır	Genetik
Voltaj kelepçesi	Membran voltajını belirli bir seviyede tutarken nöronlar gibi uyarılabilir hücrelerin membranlarından geçen iyon akımlarını ölçmek için kullanılır.^[15]	Fizyoloji, Nörobilim
Western blot	Moleküler biyoloji ve immünogenetikte doku homojenatı veya ekstrakt örneğindeki spesifik proteinleri tespit etmek için kullanılan analitik teknik	Moleküler biyoloji
X ışını kristalografisi	Bir kristalin atomik ve moleküler yapısını belirlemek için kullanılır; burada kristal yapı, gelen bir X-ışını demetinin birçok belirli yöne kırılmasına neden olur	Yapısal biyoloji

Saha teknikleri[değiştir | kaynağı değiştir]

Yöntem	Açıklama	Dallar
Mesafe örneklemesi	Popülasyonların yoğunluğunu ve/veya bolluğunu tahmin etmek için kullanılır	Ekoloji
İşaretleme ve yeniden yakalama	Her bir bireyi saymanın pratik olmadığı durumlarda bir hayvan popülasyonunun büyüklüğünü tahmin etmek için kullanılır.^[16]	Ekoloji

Hesaplama araçları[değiştir | kaynağı değiştir]

Matematiksel modeller[değiştir | kaynağı değiştir]

Model	Açıklama	Dallar
Üstel bütünleştirme ve ateşleme	Bir veya iki değişkenli kompakt ve hesaplama açısından verimli doğrusal olmayan spiking nöron modellerini tanımlar	Nörobilim
FitzHugh-Nagumo modeli	Uyarılabilir bir sistemin prototipini tanımlar (örn. bir nöron)	Nörobilim
Hardy-Weinberg ilkesi	Bir popülasyondaki alel ve genotip frekanslarının, diğer evrimsel etkilerin yokluğunda nesilden nesile sabit kalacağını belirtir	Genetik, Evrimsel biyoloji
Hodgkin-Huxley modeli	Nöronlardaki aksiyon potansiyellerinin nasıl başlatıldığını ve yayıldığını açıklar	Nörobilim
Sonsuz kümeler modeli	Sonlu bir popülasyonda heterozigotluğun veya genetik çeşitliliğin hesaplanmasına ve ilgili popülasyonlar arasındaki genetik mesafelerin tahmin edilmesine olanak sağlar^[17]	Evrimsel biyoloji
Lojistik fonksiyon	Bir nüfusun büyümesini üstel olarak tanımlar, ardından büyümede bir azalma olur ve çevresel baskılar nedeniyle bir taşıma kapasitesi ile sınırlanır.^[18]	Ekoloji
Lotka-Volterra denklemleri	Biri avcı diğeri av olarak iki türün etkileşim içinde olduğu biyolojik sistemlerin dinamiklerini tanımlamak	Ekoloji
Moran süreci	Sonlu popülasyonları tanımlayan stokastik süreç	Genetik
Tür-alan ilişkisi	Bir habitatın veya habitatın bir bölümünün alanı ile bu alanda bulunan türlerin sayısı arasındaki ilişkiyi tanımlar	Ekoloji

Algoritmalar[değiştir | kaynağı değiştir]

Algoritma	Açıklama	Dallar
Evrimsel algoritma	Biyolojik evrimden esinlenen mekanizmalar kullanır. Optimizasyon problemine yönelik aday çözümler bir popülasyondaki bireylerin rolünü oynar ve uygunluk fonksiyonu çözümlerin kalitesini belirler.	Nörobilim

Kaynakça[değiştir | kaynağı değiştir]

^ Salkind, Neil J. (2010). Repeated Measures Design. SAGE Research Methods. SAGE. doi:10.4135/9781412961288. ISBN 9781412961271. 9 Ocak 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 8 Ocak 2019.
^ Crump, K. S.; Hoel, D. G.; Langley, C. H.; Peto, R. (1 Eylül 1976). "Fundamental Carcinogenic Processes and Their Implications for Low Dose Risk Assessment". Cancer Research. 36 (9 Part 1): 2973-2979. PMID 975067. 16 Şubat 2015 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 16 Mart 2024.
^ Niedermeyer E.; da Silva F.L. (2004). Electroencephalography: Basic Principles, Clinical Applications, and Related Fields. Lippincott Williams & Wilkins. ISBN 978-0-7817-5126-1. ^{[sayfa belirt]}
^ Lilly, Leonard S, (Ed.) (2016). Pathophysiology of Heart Disease: A Collaborative Project of Medical Students and Faculty (sixth bas.). Lippincott Williams & Wilkins. s. 74. ISBN 978-1451192759.
^ Gibson, Greg (2010). "Hints of hidden heritability in GWAS". Nature Genetics. 42 (7): 558-560. doi:10.1038/ng0710-558. PMID 20581876.
^ Dwivedi, Bikash (3 Ağustos 2023). "Pedigree Chart- Definition, Interpretation, Symbols, Significances". microbenotes.com (İngilizce). 16 Mart 2024 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 16 Mart 2024.
^ "HELP - Ancestral File - Pedigree Chart". familysearch.org. 7 Şubat 2009 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 6 Nisan 2018.
^ Documenting Your Pedigree Chart 7 Haziran 2009 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. By Melody Daisson - GeneaSearch.com
^ "AKC Pedigree: How to Purchase a Document on Your Dog's Lineage". 7 Şubat 2015 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 10 Ağustos 2021.
^ "Population Pyramids of the World from 1950 to 2100". PopulationPyramid.net. 19 Nisan 2018 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Nisan 2018.
^ Watson, James D. (2007). Recombinant DNA: genes and genomes: a short course. San Francisco: W.H. Freeman. ISBN 978-0-7167-2866-5.
^ Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J. Raff, M., Roberts, K., Walter, P. 2008. Molecular Biology of the Cell, 5th ed. Garland Science, Taylor & Francis Group, NY, pp 538–539.
^ Kevil, C. G., Walsh, L., Laroux, F. S., Kalogeris, T., Grisham, M. B., Alexander, J. S. (1997) An Improved, Rapid Northern Protocol. Biochem. and Biophys. Research Comm. 238:277–279.
^ "Paper chromatography | chemistry". Encyclopedia Britannica (İngilizce). 6 Kasım 2021 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Haziran 2018.
^ Nowotny, Dr Thomas; Levi, Dr Rafael (2014). "Voltage-Clamp Technique". Jaeger, Dieter; Jung, Ranu (Ed.). Encyclopedia of Computational Neuroscience (İngilizce). Springer New York. ss. 1-5. doi:10.1007/978-1-4614-7320-6_137-2. ISBN 9781461473206.
^ "Mark-Recapture". 23 Eylül 2021 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Temmuz 2021.
^ Kimura, Motoo (1 Nisan 1969). "The Number of Heterozygous Nucleotide Sites Maintained in a Finite Population Due to Steady Flux of Mutations". Genetics. 61 (4): 893-903. doi:10.1093/genetics/61.4.893. ISSN 0016-6731. PMC 1212250 $2. PMID 5364968.
^ Renshaw, Eric (1991). Modeling Biological Populations in Space and Time. Cambridge University Press. ss. 6-9.

[1] Salkind, Neil J. (2010). Repeated Measures Design. SAGE Research Methods. SAGE. doi:10.4135/9781412961288. ISBN 9781412961271. 9 Ocak 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 8 Ocak 2019.

[2] Crump, K. S.; Hoel, D. G.; Langley, C. H.; Peto, R. (1 Eylül 1976). "Fundamental Carcinogenic Processes and Their Implications for Low Dose Risk Assessment". Cancer Research. 36 (9 Part 1): 2973-2979. PMID 975067. 16 Şubat 2015 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 16 Mart 2024.

[Niedermeyer2-3] Niedermeyer E.; da Silva F.L. (2004). Electroencephalography: Basic Principles, Clinical Applications, and Related Fields. Lippincott Williams & Wilkins. ISBN 978-0-7817-5126-1. ^{[sayfa belirt]}

[4] Lilly, Leonard S, (Ed.) (2016). Pathophysiology of Heart Disease: A Collaborative Project of Medical Students and Faculty (sixth bas.). Lippincott Williams & Wilkins. s. 74. ISBN 978-1451192759.

[East2-5] Gibson, Greg (2010). "Hints of hidden heritability in GWAS". Nature Genetics. 42 (7): 558-560. doi:10.1038/ng0710-558. PMID 20581876.

[6] Dwivedi, Bikash (3 Ağustos 2023). "Pedigree Chart- Definition, Interpretation, Symbols, Significances". microbenotes.com (İngilizce). 16 Mart 2024 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 16 Mart 2024.

[7] "HELP - Ancestral File - Pedigree Chart". familysearch.org. 7 Şubat 2009 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 6 Nisan 2018.

[8] Documenting Your Pedigree Chart 7 Haziran 2009 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. By Melody Daisson - GeneaSearch.com

[9] "AKC Pedigree: How to Purchase a Document on Your Dog's Lineage". 7 Şubat 2015 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 10 Ağustos 2021.

[10] "Population Pyramids of the World from 1950 to 2100". PopulationPyramid.net. 19 Nisan 2018 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Nisan 2018.

[isbn0-7167-2866-42-11] Watson, James D. (2007). Recombinant DNA: genes and genomes: a short course. San Francisco: W.H. Freeman. ISBN 978-0-7167-2866-5.

[Alberts20082-12] Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J. Raff, M., Roberts, K., Walter, P. 2008. Molecular Biology of the Cell, 5th ed. Garland Science, Taylor & Francis Group, NY, pp 538–539.

[Kevil19972-13] Kevil, C. G., Walsh, L., Laroux, F. S., Kalogeris, T., Grisham, M. B., Alexander, J. S. (1997) An Improved, Rapid Northern Protocol. Biochem. and Biophys. Research Comm. 238:277–279.

[britannica2-14] "Paper chromatography | chemistry". Encyclopedia Britannica (İngilizce). 6 Kasım 2021 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Haziran 2018.

[15] Nowotny, Dr Thomas; Levi, Dr Rafael (2014). "Voltage-Clamp Technique". Jaeger, Dieter; Jung, Ranu (Ed.). Encyclopedia of Computational Neuroscience (İngilizce). Springer New York. ss. 1-5. doi:10.1007/978-1-4614-7320-6_137-2. ISBN 9781461473206.

[16] "Mark-Recapture". 23 Eylül 2021 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Temmuz 2021.

[:22-17] Kimura, Motoo (1 Nisan 1969). "The Number of Heterozygous Nucleotide Sites Maintained in a Finite Population Due to Steady Flux of Mutations". Genetics. 61 (4): 893-903. doi:10.1093/genetics/61.4.893. ISSN 0016-6731. PMC 1212250 $2. PMID 5364968.

[18] Renshaw, Eric (1991). Modeling Biological Populations in Space and Time. Cambridge University Press. ss. 6-9.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

Biyolojideki araştırma yöntemleri listesi nedir?, Biyolojideki araştırma yöntemleri listesi anlamı nedir?, Biyolojideki araştırma yöntemleri listesi ne demektir?

Biyolojideki araştırma yöntemleri listesi nedir?, Biyolojideki araştırma yöntemleri listesi anlamı nedir?, Biyolojideki araştırma yöntemleri listesi ne demektir?

Biyolojideki araştırma yöntemleri listesi

Araştırma tasarımı ve analizi[değiştir | kaynağı değiştir]

Araştırma tasarımları[değiştir | kaynağı değiştir]

Grafikler ve diyagramlar[değiştir | kaynağı değiştir]

İstatistiksel analizler[değiştir | kaynağı değiştir]

Laboratuvar teknikleri[değiştir | kaynağı değiştir]

Saha teknikleri[değiştir | kaynağı değiştir]

Hesaplama araçları[değiştir | kaynağı değiştir]

Matematiksel modeller[değiştir | kaynağı değiştir]

Algoritmalar[değiştir | kaynağı değiştir]

Kaynakça[değiştir | kaynağı değiştir]