Operon

Tipik bir operon

Operon, genetikte tek bir promotörün kontrolü altında bir gen kümesi içeren DNA'nın işlevsel bir birimidir.^[1] Genler birlikte bir mRNA ipliğine yazılır ve daha sonra ya sitoplazmada birlikte translasyona uğrar veya ayrı ayrı translasyona uğrayan monosistronik mRNA'ları oluşturmak için her biri tek bir gen ürününü kodlayan birkaç mRNA ipliği gibi uçbirleştirmeye tabi tutulur. Bunun sonucu, operonda bulunan genler ya birlikte ifade edilirler ya da hiç ifade edilmezler. Bir operonu tanımlamak için birkaç genin birlikte transkripsiyonunu gerekir.^[2]

Başlangıçta, operonların sadece prokaryotlarda (bakterilerden elde edilen plastidlere benzeyen organelleri içeren) bulunduğu düşünülüyordu, ancak 1990'ların başında ökaryotlarda ilk operonların keşfinden bu yana^[3]^[4] çok fazla fazla kanıt ortaya çıkması sonucu, önceden varsayılandan daha yaygın oldukları öne sürülmektedir.^[5] Genel olarak, prokaryotik operonların ekspresyonu polisistronik mRNA'ların oluşumuna yol açarken ökaryotik operonlar monosistronik mRNA'lara yol açar.

Operonlar, bakteriyofajlar gibi virüslerde de bulunur.^[6]^[7] Örneğin, T7 fajlarının iki operonu vardır. İlk operon, ikinci operona bağlanabilen ve onun transkripsiyonunu sağlayan özel bir T7 RNA polimerazı da içeren çeşitli ürünleri kodlar. İkinci operon, konakçı hücrenin patlamasına neden olan bir lizis geni içerir.^[8]

Tarih[değiştir | kaynağı değiştir]

"Operon" terimi ilk olarak 1960 yılında Fransız Bilimler Akademisi Bildiriler Kitabı'nda kısa bir makalede önerilmiştir.^[9] Bu makaleden, operonun genel teorisi olarak geliştirilmiştir. Bu teori, tüm durumlarda, bir operon içindeki genlerin, ilk genden önce bulunan tek bir operatöre etki eden bir baskılayıcı tarafından negatif olarak kontrol edildiğini ileri sürmüştür. Daha sonra, genlerin pozitif olarak düzenlenebildiği ve ayrıca transkripsiyon başlangıcını takip eden adımlarda da düzenlenebildiği keşfedildi. Bu nedenle, genel bir düzenleyici mekanizmadan bahsetmek mümkün değildir, çünkü farklı operonların farklı mekanizmaları vardır. Bugün, operon basitçe tek bir mRNA molekülüne transkripsiyonu sağlanan bir gen kümesi olarak tanımlanmaktadır. Bununla birlikte, kavramın gelişimi moleküler biyoloji tarihinde önemli bir olay olarak kabul edilir. Tanımlanan ilk operon, E. coli'deki lac operon idi. 1965 Nobel Fizyoloji ve Tıp Ödülü, operon ve virüs sentezi ile ilgili keşiflerinden dolayı François Jacob, André Michel Lwoff ve Jacques Monod'a verildi.

Genel bakış[değiştir | kaynağı değiştir]

Şablon:Prokaryote gene structure

Polisistronik operon

Yasal düzenleme

Artırıcı

/ susturucu

Operatör

Promotör

5'UTR

ORF

UTR

3'UTR

Başlat

Dur

terminatör

Transkripsiyon

DNA

RBS

Protein kodlama bölgesi

mRNA

Translasyon

Protein

Protein kodlayan genlerin prokaryotik operonunun yapısı. Düzenleyici sekans, çoklu protein kodlama bölgeleri (kırmızı) için ekspresyon meydana geldiğinde kontrol eder. Promotör, operatör ve arttırıcı bölgeler (sarı), genin bir mRNA'ya transkripsiyonunu düzenler. mRNA translasyonu olmamış bölgeleri (mavi) nihai protein ürünlerine translasyonu düzenler.^[10]

Operonlar öncelikle prokaryotlarda, aynı zamanda C. elegans ve meyve sineği, Drosophila melanogaster gibi nematodlar da dahil olmak üzere bazı ökaryotlarda görülür. rRNA genleri, genellikle omurgalıların da içinde bulunduğu bir dizi ökaryottaki operonlarda bulunur. Bir operon, ortak bir promotör altında çalışan ve ortak bir operatör tarafından düzenlenen çeşitli yapısal genlerden oluşur. Operon ayrıca, bir dizi bitişik yapısal gen ve buna ek olarak yapısal genlerin transkripsiyonunu etkileyen bitişik düzenleyici sinyaller olarak tanımlanır. ⁵^[11] Baskılayıcılar, eş-baskılayıcıları ve aktivatörler de dahil olmak üzere belirli bir operonun regülatörleri, aynı operon tarafından kodlanmak zorunda değildir. Regülatörlerin, promotörün, operatörün ve yapısal DNA sekanslarının yeri ve durumu, ortak mutasyonların etkilerini belirleyebilir.

Operonlar, regülonlar (düzenleyici), stimülonlar (uyarıcı) ve modülonlar ile ilişkilidir; ayrıca operonlar aynı operatör tarafından düzenlenen bir dizi gen içerdiğinden, regülonlar tek bir düzenleyici protein tarafından regüle edilenn bir dizi gen içerir ve stimülonlar ise tek bir hücre uyarıcısı tarafından regüle edilen bir dizi gen içerir. Araştırma makalesinin yazarlarına göre, "operon" terimi "işletmek" fiilinden türetilmiştir.^[12]

Bir transkripsiyon birimi olarak[değiştir | kaynağı değiştir]

Bir operon, genellikle bir polististronik mRNA'ya (birden fazla proteini kodlayan tek bir mRNA molekülü) traskribe olan bir veya daha fazla yapısal gen içerir. Bununla birlikte, bir operonun tanımı, mRNA'nın polisistronik olmasını gerektirmez, ancak pratikte genellikle öyledir.^[5] Yapısal genlerin yukarısında, RNA polimerazının bağlamasını ve transkripsiyonu başlatmasıı sağlayan bir promotör dizisi bulumaktadır. Promotörün yakınında DNA'nın operatör olarak adlandırılan bir bölümü bulunur.

Prokaryotik genlerin kümelenmesine karşı operonlar[değiştir | kaynağı değiştir]

Bir operonun tüm yapısal genleri, bu genlerin yukarısıda bulunan tek bir promotör ve operatör tarafından birlikte AÇIK veya KAPALI duruma getirilir. Bunu sağlayabilmek için, bazı bakteri genleri birbirine yakın konnumlanmıştır, ancak her biri için spesifik bir promotör vardır; buna gen kümeleme denir. Genellikle bu genler, bir metabolik yolak gibi, aynı yolakta birlikte çalışacak proteinleri kodlar. Gen kümelenmesi, bir prokaryotik hücrenin metabolik enzimleri doğru sırada üretmesine yardımcı olur.^[13]

Genel yapı[değiştir | kaynağı değiştir]

Bir operon 3 temel DNA bileşeninden oluşur:

Promotör - bir genin transkripsiyonunu sağlayan bir nükleotit sekansıdır. Promotör, daha sonra transkripsiyonu başlatan RNA polimeraz tarafından tanınır. RNA sentezinde promoterler, haberci RNA oluşturulması için hangi genlerin kullanılması gerektiğini belirtir ve ayrıca hücrenin ürettiği proteinleri kontrol eder.
Operatör - bir baskılayıcının bağlandığı DNA'nın bir segmentidir. Klasik olarak lac operonda promotör ve operonun genleri arasında bir segment olarak tanımlanır.^[14] Lac operondaki ana operatör (O1), promotörün biraz aşağısındna bulunur; iki ek operatör, O1 ve O3 sırasıyla -82 ve +412'de bulunur. Bir baskılayıcının varlığı durumunda, baskılayıcı protein, RNA polimerazının genleri kopyalamasını fiziksel olarak engeller.
Yapısal genler - operon tarafından birlikte düzenlenen genlerdir.

Her zaman operon içerisinde bulunmayan ancak önemli bir fonksiyona sahip olan düzenleyici gen, baskılayıcı proteinleri kodlayan ve sürekli eksprese edilen bir gendir. Düzenleyici gen, onu kontrol etmek için operonun içinde, yanında veya hatta yakınında olması gerekmez.

İndükleyici (küçük molekül), bir baskılayıcıyı (protein) operatör bölgesindeki (DNA) yerinden çıkarabilir ve sonuç olarak inhibe edilmemiş bir operon meydaa getirir.

Alternatif olarak, bir eş-baskılayıcı, baskılayıcıya bağlanarak onun operatör bölgesine bağlanmasına izin verir. Bu regülasyona iyi bir örnek trp operonudur.

Düzenleme[değiştir | kaynağı değiştir]

Bir operonun kontrolü, organizmaların çevresel koşullara bağlı olarak çeşitli genlerin ekspresyonunu düzenlemelerini sağlayan bir tür gen düzenlemesidir . Operon regülasyonu indüksiyon veya baskılama ile negatif veya pozitif olabilir.^[14]

Negatif kontrol, transkripsiyonu önlemek için bir baskılayıcının operatöre bağlanmasıdır.

Negatif indüklenebilir operonlarda, düzenlemeyi sağlayan baskılayıcı protein normal şartlarda operatöre bağlı halde bulunur, bu da genlerin operon üzerindeki transkripsiyonunu önler. Eğer ortamda bir indükleyici molekül mevcutsa, bu indükleyici, baskılayıcı proteine bağlanır ve baskılayıcı proteinin yapısını operatöre bağlanamayacak şekilde değiştirir. Bu durum, operonun ekspresyonuna izin verir. Lac operon, negatif olarak kontrol edilebilen indüklenebilir bir operondur ve bu operonun ikdükleyici molekülü allolaktozdur .
Negatif baskılanabilir operonlarda, operonun transkripsiyonu normal olarak gerçekleşir. Baskılayıcı proteinler bir regülatör gen tarafından üretilir, ancak normal yapılarında operatöre bağlanamazlar. Bununla birlikte, eş-baskılayıcı olarak adlandırılan bazı moleküller, baskılayıcı protein tarafından bağlanır ve bu da aktif bölgede yapısal bir değişikliğe neden olur. Aktifleştirilmiş baskılayıcı protein operatöre bağlanır ve transkripsiyonu önler. Triptofan (eş-baskılayıcı olarak görev alır) sentezinde yer alan trp operon, negatif kontrollü bastırılabilir bir operondur.

Operonlar ayı zamanda pozitif olarak da kontrol edilebilir. Pozitif kontrol ile, bir aktivatör protein DNA'ya (genellikle operatörden başka bir yerde) bağlanarak transkripsiyonu uyarır.

In positive inducible operons, activator proteins are normally unable to bind to the pertinent DNA. When an inducer is bound by the activator protein, it undergoes a change in conformation so that it can bind to the DNA and activate transcription.
In positive repressible operons, the activator proteins are normally bound to the pertinent DNA segment. However, when an inhibitor is bound by the activator, it is prevented from binding the DNA. This stops activation and transcription of the system.

Modeli bakteri Escherichia coli lac operonu, keşfedilen ve operon fonksiyonunu gösterenn ilk operondur. Üç bitişik yapısal gen, bir promotör, bir terminatör ve bir operatörden oluşur. Lac operon, glikoz ve laktozun ortamda bulunması da dahil olmak üzere çeşitli faktörler tarafından düzenlenir. Allolaktoz ile aktive edilebilir. Laktoz, baskılayıcı proteine bağlanır ve gen transkripsiyonunu baskılamasını önler. Bu durum, bastırılmanın ortadan kalkması (negatif indüklenebilir) modeline bir örnektir. Bu nedenle, laktoz veya allolaktoz varlığı ile indüklenen negatif indüklenebilir bir operondur.

Trp operon[değiştir | kaynağı değiştir]

1953 yılında Jacques Monod ve meslektaşları tarafından keşfedilen E. coli'deki trp operon, keşfedilen ilk bastırılabilir operondur. Lac operon bir kimyasal (allolaktoz) tarafından aktive edilebilirken, triptofan (Trp) operon da bir kimyasal (triptofan) tarafından inhibe edilir. Bu operon beş yapısal gen içerir: triptofan sentetazı kodlayan trp E, trp D, trp C, trp B ve trp A. Aynı zamanda RNA polimeraza bağlanan bir promotör ve operatöre bağlanan baskılayıcı gen (trp R) tarafından sentezlenen proteine bağlandığında transkripsiyonu bloke eden bir operatör içerir. Lac operonda, laktoz baskılayıcı proteine bağlanır ve gen transkripsiyonunu bastırmasını önlerken, trp operonda triptofan baskılayıcı proteine bağlanır ve gen transkripsiyonunu bastırmasını sağlar. Lak operonun aksine, trp operon, bir lider peptit ve kademeli düzenlemeye izin veren bir attenuator sekans içerir.^[15] Bu durum, eş-baskılama modeline bir örnektir.

Operonların sayısını ve organizasyonunu tahmin etme[değiştir | kaynağı değiştir]

Operonların sayısı ve organizasyonu E. coli'de çok fazla incelenmiştir. Sonuç olarak tahminler, bir organizmanın genomik sekansına dayanarak yapılabilir.

Bir tahmin yöntemi, genomdaki operon sayısının asıl bir öngörücüsü olarak okuma çerçeveleri arasındaki genler arası mesafeyi kullanır. Ayrılma sadece çerçeveyi değiştirir ve okumanın verimli olmasını garanti eder. Operonların başladığı ve bittiği yerde, genellikle 40-50 baza kadar daha uzun bölgeler vardır.^[16]

Operonları tahmin etmek için alternatif bir yöntem, gen düzeninin ve yönüün iki veya daha fazla genomda korunduğu gen kümelerinin bulunmasına dayanır.^[17]

Moleküllerin fonksiyonel sınıfı dikkate alınırsa, operon tahmini daha da doğru olmaktadır. Bakteriler okuma çerçevelerini, protein kompleksleri, ortak yolaklar veya paylaşılan substrat ve taşıyıcılarların birlikte müdahil olan birimlere ayırmıştır. Dolayısıyla, doğru tahmin tüm bu verileri içermelidir.

Pascale Cossart'ın laboratuvarı, bir mikroorganizmanın tüm operonları olan Listeria monocytogenes'ı deneysel olarak tanımlayan ilk laboratuvar oldu. L. monocytogenes'de farklı koşullar altında meydana gelen transkripsiyondaki küresel değişiklikleri açıklayan bir 2009 çalışmasında 517 polisistronnik operon listelenmiştir.^[18]

Ayrıca bakınız[değiştir | kaynağı değiştir]

Kaynakça[değiştir | kaynağı değiştir]

^ David E. Sadava; David M. Hillis; H. Craig Heller; May Berenbaum (15 Ekim 2009). Life: The Science of Biology (İngilizce). W. H. Freeman. ISBN 978-1-4292-1962-4. 28 Temmuz 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 2 Mart 2020.
^ Molecular Cell Biology (İngilizce). 2000. ISBN 978-0-7167-3136-8.
^ "Operons in C. elegans: polycistronic mRNA precursors are processed by trans-splicing of SL2 to downstream coding regions". Cell. 73 (3). Mayıs 1993. ss. 521-32.
^ "The Adh-related gene of Drosophila melanogaster is expressed as a functional dicistronic messenger RNA: multigenic transcription in higher organisms". The EMBO Journal. 16 (8). Nisan 1997. ss. 2023-31.
^ ^a ^b "Operons in eukaryotes". Briefings in Functional Genomics & Proteomics. 3 (3). Kasım 2004. ss. 199-211.
^ "Definition of Operon". Medical Dictionary. MedicineNet.com. 28 Şubat 2014 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 30 Aralık 2012.
^ "Displacements of prohead protease genes in the late operons of double-stranded-DNA bacteriophages". Journal of Bacteriology. 186 (13). Temmuz 2004. ss. 4369-75.
^ "Bacteriophage Use Operons". Prokaryotic Gene Control. Dartmouth College. 23 Eylül 2015 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 30 Aralık 2012.
^ "[Operon: a group of genes with the expression coordinated by an operator]" [Operon: a group of genes with the expression coordinated by an operator] (PDF). Comptes Rendus Hebdomadaires des Séances de l'Académie des Sciences (Facsimile version reprinted in 2005) (Fransızca). 250 (6). Şubat 1960. ss. 1727-9. 4 Mart 2016 tarihinde kaynağından (PDF) arşivlendi. Erişim tarihi: 2 Mart 2020.
^ Shafee, Thomas; Lowe, Rohan (2017). "Eukaryotic and prokaryotic gene structure". WikiJournal of Medicine. 4 (1). doi:10.15347/wjm/2017.002. ISSN 2002-4436.
^ Anthony J.F. Griffiths; Susan R. Wessler; Richard C. Lewontin; William M. Gelbart; David T. Suzuki; Jeffrey H. Miller; University David T Suzuki (2005). An Introduction to Genetic Analysis (İngilizce). Macmillan. ISBN 978-0-7167-4939-4.
^ "The birth of the operon". Science. 332 (6031). Mayıs 2011. s. 767.
^ "Genomic gene clustering analysis of pathways in eukaryotes". Genome Research. 13 (5). Mayıs 2003. ss. 875-82.
^ ^a ^b Benjamin Lewin (1 Ocak 1990). Genes IV (İngilizce). ISBN 978-0-19-854267-4.
^ Nickla, Harry (1983). Concepts of Genetics (İngilizce). ISBN 978-0-13-191833-7.
^ "Operons in Escherichia coli: genomic analyses and predictions". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 97 (12). Haziran 2000. ss. 6652-7.
^ "Prediction of operons in microbial genomes". Nucleic Acids Research. 29 (5). Mart 2001. ss. 1216-21.
^ "The Listeria transcriptional landscape from saprophytism to virulence". Nature. 459 (7249). Haziran 2009. ss. 950-6.

Dış bağlantılar[değiştir | kaynağı değiştir]

Mycobacterium tuberculosis H37Rv Operon Korelasyon Tarayıcısı
OBD28 Kasım 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. - Operon Veritabanı (yine de kullanmak biraz garip)

[1] David E. Sadava; David M. Hillis; H. Craig Heller; May Berenbaum (15 Ekim 2009). Life: The Science of Biology (İngilizce). W. H. Freeman. ISBN 978-1-4292-1962-4. 28 Temmuz 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 2 Mart 2020.

[2] Molecular Cell Biology (İngilizce). 2000. ISBN 978-0-7167-3136-8.

[3] "Operons in C. elegans: polycistronic mRNA precursors are processed by trans-splicing of SL2 to downstream coding regions". Cell. 73 (3). Mayıs 1993. ss. 521-32.

[4] "The Adh-related gene of Drosophila melanogaster is expressed as a functional dicistronic messenger RNA: multigenic transcription in higher organisms". The EMBO Journal. 16 (8). Nisan 1997. ss. 2023-31.

[Operons_in_eukaryotes-5] "Operons in eukaryotes". Briefings in Functional Genomics & Proteomics. 3 (3). Kasım 2004. ss. 199-211.

[6] "Definition of Operon". Medical Dictionary. MedicineNet.com. 28 Şubat 2014 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 30 Aralık 2012.

[Liu_2004-7] "Displacements of prohead protease genes in the late operons of double-stranded-DNA bacteriophages". Journal of Bacteriology. 186 (13). Temmuz 2004. ss. 4369-75.

[8] "Bacteriophage Use Operons". Prokaryotic Gene Control. Dartmouth College. 23 Eylül 2015 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 30 Aralık 2012.

[Jacob1960-9] "[Operon: a group of genes with the expression coordinated by an operator]" [Operon: a group of genes with the expression coordinated by an operator] (PDF). Comptes Rendus Hebdomadaires des Séances de l'Académie des Sciences (Facsimile version reprinted in 2005) (Fransızca). 250 (6). Şubat 1960. ss. 1727-9. 4 Mart 2016 tarihinde kaynağından (PDF) arşivlendi. Erişim tarihi: 2 Mart 2020.

[ShafeeLowe2017-10] Shafee, Thomas; Lowe, Rohan (2017). "Eukaryotic and prokaryotic gene structure". WikiJournal of Medicine. 4 (1). doi:10.15347/wjm/2017.002. ISSN 2002-4436.

[11] Anthony J.F. Griffiths; Susan R. Wessler; Richard C. Lewontin; William M. Gelbart; David T. Suzuki; Jeffrey H. Miller; University David T Suzuki (2005). An Introduction to Genetic Analysis (İngilizce). Macmillan. ISBN 978-0-7167-4939-4.

[12] "The birth of the operon". Science. 332 (6031). Mayıs 2011. s. 767.

[13] "Genomic gene clustering analysis of pathways in eukaryotes". Genome Research. 13 (5). Mayıs 2003. ss. 875-82.

[blewin-14] Benjamin Lewin (1 Ocak 1990). Genes IV (İngilizce). ISBN 978-0-19-854267-4.

[15] Nickla, Harry (1983). Concepts of Genetics (İngilizce). ISBN 978-0-13-191833-7.

[16] "Operons in Escherichia coli: genomic analyses and predictions". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 97 (12). Haziran 2000. ss. 6652-7.

[17] "Prediction of operons in microbial genomes". Nucleic Acids Research. 29 (5). Mart 2001. ss. 1216-21.

[18] "The Listeria transcriptional landscape from saprophytism to virulence". Nature. 459 (7249). Haziran 2009. ss. 950-6.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

Operon nedir?, Operon anlamı nedir?, Operon ne demektir?