Kütle spektrometrisi yazılımları listesi

Kütle spektrometresi yazılımı, kütle spektrometresinde veri toplama,^[1] analizi veya temsil için kullanılan bir yazılımdır.

Proteomik yazılımı[değiştir | kaynağı değiştir]

Protein kütle spektrometrisinde, protein/peptit tanımlaması için ardışık kütle spektrometrisi (MS/MS veya MS² olarak da bilinir) deneyleri kullanılır. Peptit tanımlama algoritmaları iki geniş sınıfa ayrılır: veritabanı araması ve de novo arama. İlk arama, analiz edilen örnekte mevcut olduğu varsayılan tüm amino asit sekanslarını içeren bir veri tabanına karşı gerçekleştirilirken, ikincisi, genomik veri bilgisi olmadan peptit sekanslarını ortaya çıkarır.

Veritabanı arama algoritmaları[değiştir | kaynağı değiştir]

İsim	Tip	Açıklama
ProSightPC ve ProSightPD	Tescilli	ProSightPC/PD, UniProt'tan türetilmiş veritabanlarına karşı peptit ve protein ardışık kütle spektrometresi verilerini aramak için yazılım araçlarıdır.
TopPIC	Açık kaynak	TopPIC (Top-down mass spectrometry based Proteoform Identification and Characterization/Üst-alt kütle spektrometrisi tabanlı Proteoform Tanımlama ve Karakterizasyon), bir protein dizisi veritabanına karşı üst-alt ardışık kütle spektrumlarını araştırarak proteom düzeyinde proteoformları tanımlar ve karakterize eder. TopPIC, MS-Align + 'ın halefidir. Mutasyonlar ve translasyon sonrası modifikasyonlar (post-translational modifications-PTM) gibi beklenmedik değişiklikler içeren proteoformları verimli bir şekilde tanımlar, tanımlamaların istatistiksel önemini doğru bir şekilde tahmin eder ve bilinmeyen kütle kaymalarıyla rapor edilen proteoformları karakterize eder. Hızı, duyarlılığı ve doğruluğu artırmak için indeksler, spektral hizalama, jenerasyon işlevi yöntemleri ve modifikasyon tanımlama skoru (MIScore) gibi çeşitli teknikler kullanır.^[2]
TopMG	Açık kaynak	TopMG (Kütle Grafiklerini kullanarak üst-alt kütle spektrometresi tabanlı proteoform tanımlama/Top-down mass spectrometry based proteoform identification using Mass Graphs) bir protein dizisi veritabanına karşı üst-alt ardışık kütle spektrumlarını arayarak ultra-modifiye proteoformları tanımlamak için kullanılan bir yazılım aracıdır.^[3]
Andromeda (MaxQuant' ın bir parçası olarak)	Freeware	Andromeda, olasılıksal puanlamaya dayalı bir peptit arama motorudur. Proteom verilerinde Andromeda, hedef tuzak aramalarına dayalı duyarlılık ve özgüllük analizi ile değerlendirilen, yaygın olarak kullanılan ticari bir arama motoru olan Mascot kadar iyi performans gösterir. Andromeda bağımsız olarak çalışabilir veya MaxQuant'a entegre edilebilir. Bu kombinasyon, bir masaüstü bilgisayarda büyük veri kümelerinin analizini sağlar. Birlikte parçalanmış peptitlerin tanımlanması, tanımlanan peptitlerin sayısını iyileştirir. Andromeda Jürgen Cox ve diğerleri tarafından Max Planck Biyokimya Enstitüsü'nde geliştirildi.^[4]
Byonic	Tescilli	Byonic, 2011 yılında Protein Metrics Inc. tarafından PARC'ta orijinal geliştirmelerle yayınlanan veritabanı arama algoritmasıdır.^[5] Her tür cihazdan MS/MS verilerini arar ve dahili olarak Combyne programını kullanır.^[6] Combyne, protein skorları ve tanımlama olasılıkları oluşturmak için peptit tanımlamalarını birleştirir.
Comet	Açık kaynak	Washington Üniversitesi'nde Windows ve Linux için geliştirilmiş bir veritabanı arama algoritmasıdır.^[7]
Tide (Crux' un yeniden yazılmış hali)	Açık kaynak	Tide, peptitleri ardışık kütle spektrumlarından tanımlamak için bir araçtır. Tide' ın atası Crux' tur, ancak Tide, SEQUEST XCorr puanlarını tam olarak kopyalarken hızda bin kat artış sağlamak için tamamen yeniden tasarlandı. Washington Üniversitesi'nde geliştirildi.^[8]
Greylag	Açık kaynak	Stowers Institute for Medical Research'te geliştirilen veritabanı arama algoritması, yüzlerce düğüme sahip bilgisayar kümelerinde büyük aramalar yapmak için tasarlanmıştır.
InsPecT	Açık kaynak	Kaliforniya Üniversitesi, San Diego'daki Center for Computational Mass Spectrometry' de (Hesaplamalı Kütle Spektrometresi Merkezi) bulunan bir MS hizalama arama algoritması^[9]
Mascot	Tescilli	Gözlemlenen ve öngörülen peptid parçaları arasındaki eşleşmelerin istatistiksel bir değerlendirmesi yoluyla kütle spektrometresi veri analizi gerçekleştirir.^[10]
MassMatrix	Freeware	MassMatrix, ardışık kütle spektrometrik verileri için bir veritabanı arama algoritmasıdır. Peptit ve protein eşleşmelerini sıralamak için kütle doğruluğuna duyarlı olasılıklı bir puanlama modeli kullanır.
MassWiz	Açık kaynak	Institute of Genomics and Integrative Biology'de geliştirilen bir arama algoritmasıdır. Windows komut satırı aracı olarak mevcuttur.
MS-GF +	Açık kaynak	MS-GF+ (aka MSGF+ veya MSGFPlus) bir protein dizisi veritabanından türetilen peptitlere karşı MS/MS spektrumlarını puanlayarak peptit tanımlaması yapar. HUPO PSI standart giriş dosyasını (mzML) destekler ve sonuçları mzIdentML formatında kaydeder, ancak sonuçlar kolaylıkla TSV'ye dönüştürülebilir. ProteomeXchange, MS-GF+ arama sonuçlarını kullanarak Tam veri gönderimini destekler.
MSFragger	Freeware	Verimli fragmant iyon indekslemesine dayalı hızlı veri tabanı araması yapma yeteneğine sahiptir. Geleneksel veritabanı aramalarına ek olarak translasyon sonrası modifikasyon keşfi, O ve N bağlantılı glikoproteomik aramaları, yarı enzimatik ve enzimatik olmayan aramalar için açık (kitlesel toleranslı) aramalar yapabilir. Michigan Üniversitesi'nde geliştirildi.
MyriMatch	Açık kaynak	Vanderbilt Üniversitesi Tıp Merkezi'nde geliştirilen veritabanı arama programı, tek bir bilgisayar ortamında veya tüm işlem düğümleri kümesinde çalışmak üzere tasarlanmıştır.^[11]
MS-LAMP	Açık kaynak	Lipidlerin elektrosprey iyonizasyon (ESI) ve/veya matris destekli lazer desorpsiyonu ve iyonizasyonu (MALDI) kütle spektrometrik verilerinin yorumlanmasına yardımcı olan bağımsız bir yazılım.^[12]
OMSSA	Freeware	OMSSA (The Open Mass Spectrometry Search Algorithm) bilinen protein dizilerinin kitaplıklarını arayarak MS/MS peptit spektrumlarını tanımlamak için etkili bir arama motorudur.
PEAKS DB	Tescilli	Bu veritabanı arama motoru, arama sonuçlarını otomatik olarak doğrulamak için de novo dizileme ile paralel çalışır.^[13]
pFind	Freeware	pFind Studio, kütle spektrometrisi tabanlı proteomik için bilgisayarlı bir çözümdür.
Phenyx	Tescilli	Geneva Bioinformatics (GeneBio) ve Swiss Institute of Bioinformatics (SIB) kurumlarının işbirliği ile geliştirilmiştir. Phenyx, her tür alet, enstrümantal kurulum ve genel numune işlemleri için uyarlanabilen puanlama şemaları oluşturmak ve optimize etmek için bir istatistiksel puanlama modelleri ailesi olan OLAV'ı içerir.^[14]
ProbID	Açık kaynak	PI, ardışık kütle spektrumunun analizi için güçlü bir araç takımıdır. ProbID, ardışık kütle spektrumunun derin analizine (fragmantasyon kuralları, bölünme tercihi, nötral kayıplar vb.) olan ihtiyacı karşılamaya çalışır.^[15]
ProLuCID	Freeware	ProLuCID hızlı ve hassas bir tandem kütle spektrumuna dayalı protein tanımlama programıdır..^[16]
ProteinPilot Software	Tescilli
Protein Prospector	Açık kaynak	Protein Prospector, California San Francisco Üniversitesi'nde geliştirilen yaklaşık yirmi proteomik analiz aracından oluşan bir pakettir.
RAId		Robust Accurate Identification (RAId), ardışık kütle spektrometresi verilerini doğru istatistiklerle analiz etmeye yönelik bir proteomik araçlar paketidir.^[17]
SEQUEST	Tescilli	Ardışık kütle spektrumlarının koleksiyonlarını veri tabanlarından üretilen peptid sekanslarına tanımlar.^[18]
SIMS	Açık kaynak	SIMS, ardışık kütle spektrumları üzerinde sınırsız PTM araması yapmak için bir yazılım aracı tasarımıdır.^[19]
SimTandem	Freeware	LC/MS/MS verilerinden peptit dizilerinin tanımlanması için bir veritabanı arama motoru; motor, OpenMS/TOPP' de ek bir araç olarak kullanılabilir.^[20]
SQID	Açık kaynak	SeQuence IDentification (SQID), ardışık kütle spektrometresi için yoğunluğa bağlı bir protein tanımlama algoritmasıdır.
X!Tandem	Açık kaynak	Ardışık kütle spektrumlarını peptid dizileriyle eşleştirir.
WsearchVS2020	Freeware	Ticari MS cihazlarında elde edilen spektrumları görüntüleyebilen veri analiz yazılımı. NIST ticari veritabanını da arayabilir/eşleştirme yapabilir

De novo dizileme algoritmaları[değiştir | kaynağı değiştir]

De novo peptit dizileme algoritmaları, genel olarak, Bartels ve ark. (1990) eserinde önerilmiş olan yaklaşımın üzerine kuruludur.^[21]

İsim	Tür
CycloBranch	açık kaynak
DeNovoX	Tescilli
DeNoS
Lutefisk	açık kaynak
Novor	Tescilli akademik araştırma için ücretsiz
PEAKS	Tescilli
Supernovo	Tescilli

Homoloji arama algoritmaları[değiştir | kaynağı değiştir]

İsim	Tür	Açıklama
MS-Homology	açık kaynak	MS-Homology, Protein Prospector paketindeki bir veritabanı arama programıdır.
SPIDER	Tescilli	SPIDER algoritması, protein ve peptit tanımlama amacıyla veri tabanı dizileri ile hatalı dizi etiketlerini eşleştirir ve PEAKS kütle spektrometresi veri analiz yazılımı ile birlikte kullanılabilir.

MS/MS peptit kuantifikasyonu[değiştir | kaynağı değiştir]

İsim	Tür
MarkerView Software	Tescilli
Mascot Distiller	Tescilli
Mascot Server	Tescilli
MassChroQ	açık kaynak
MaxQuant	ücretsiz yazılım
MultiQuant Software	Tescilli
OpenMS/TOPP	açık kaynak
OpenPIP	web sitesi açık erişim
ProtMax	ücretsiz yazılım
Spectronaut	Tescilli
Skyline	açık kaynak
SWATH Software 2.0	Tescilli
BACIQ	açık kaynak

Diğer yazılımlar[değiştir | kaynağı değiştir]

Name	Type
HIquant	Açık kaynak
TopFD	Açık kaynak
ArtIST by Clover Biosoft	Tescilli
Advanced Chemistry Development	Tescilli
Analyst	Tescilli
AnalyzerPro 24 Ekim 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.	Tescilli
CFM-ID 17 Ekim 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.	Açık kaynak
Chromeleon	Tescilli
Crosslinx	Açık kaynak
DeNovoGUI	Açık kaynak
Easotope	Açık kaynak
[El-MAVEN]	Açık kaynak
ESIprot
Expressionist	Tescilli
KnowItAll 29 Mayıs 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. Spectroscopy Software & Mass Spectral Library	Tescilli
LabSolutions LCMS	Tescilli
Mass++	Açık kaynak
MassBank.jp	Website
MassBank.eu	Website
MassBank	Açık kaynak
MassCenter	Tescilli
Mass Frontier	Tescilli
MassLynx	Tescilli
MassMap	Tescilli
Mass-Up	Açık kaynak
massXpert	Açık kaynak GPL
METLIN Database and Technology Platform	Tescilli
mineXpert	Açık kaynak GPL
mMass	Açık kaynak
MolAna
ms2mz	Freeware
MSGraph	Açık kaynak
MSight	Freeware
MSiReader	Freeware
mspire	Açık kaynak
MSqRob 14 Eylül 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.	Açık kaynak
Multimaging
multiMS-toolbox	Açık kaynak
mzCloud	Website
MZmine 2	Açık kaynak
OmicsHub Proteomics
OpenChrom	Açık kaynak
ORIGAMI	Açık kaynak
PatternLab	Freeware
pyOpenMS	Açık kaynak
SIM-XL	Freeware
Peacock	Açık kaynak
PeakInvestigator	Tescilli
Pinnacle	Tescilli
PIQMIe	Web
POTAMOS	Açık kaynak
ProMass	Tescilli
PROTRAWLER
ProteoIQ	Tescilli
Proteomatic	Freeware
ProteomicsTools	Açık kaynak
ProteoWizard	Açık kaynak
ProteoWorker	Tescilli
Provision	Açık kaynak
pymzML	Açık kaynak
Pyteomics	Açık kaynak
Quantem 27 Ekim 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
Quantinetix
Rational Numbers Excel Add-In	Tescilli
Rational Numbers Search	Tescilli
REGATTA
RemoteAnalyzer 24 Ekim 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.	Tescilli
Scaffold	Tescilli
SCIEX OS	Tescilli
SCiLS Lab
SimGlycan	Tescilli
SIMION	Tescilli
Spectrolyzer
Spectromania	Tescilli
StavroX	Freeware
Swiss Mass Abacus	Açık kaynak
TOF-DS	Tescilli
TurboMass	Tescilli
Trans-Proteomic Pipeline (TPP)	Açık kaynak
Universal Mass Calculator
VIPER
Xcalibur	Tescilli
XCMS Online (Cloud-Based)	Tescilli

Kaynakça[değiştir | kaynağı değiştir]

^ Cree (Kasım 2019). "Effect of elevated temperature on eggshell, eggshell powder and eggshell powder mortars for masonry applications". Journal of Building Engineering. 26: 100852. doi:10.1016/j.jobe.2019.100852. ISSN 2352-7102.
^ kou (2016). "TopPIC: a software tool for top-down mass spectrometry-based proteoform identification and characterization". Bioinformatics. 32 (22): 3495-3497. doi:10.1093/bioinformatics/btw398. ISSN 1460-2059. PMC 5181555 $2. PMID 27423895.
^ kou (2017). "A mass graph-based approach for the identification of modified proteoforms using top-down tandem mass spectra". Bioinformatics. 33 (9): 1309-1316. doi:10.1093/bioinformatics/btw806. ISSN 1460-2059. PMC 5860502 $2. PMID 28453668.
^ Cox (2011). "Andromeda: A Peptide Search Engine Integrated into the MaxQuant Environment". Journal of Proteome Research. 10 (4): 1794-1805. doi:10.1021/pr101065j. ISSN 1535-3893. PMID 21254760.
^ Bern (2007). "Lookup Peaks: A Hybrid of de Novo Sequencing and Database Search for Protein Identification by Tandem Mass Spectrometry". Analytical Chemistry. 79 (4): 1393-1400. doi:10.1021/ac0617013. PMID 17243770.
^ Bern (2008). "Improved Ranking Functions for Protein and Modification-Site Identifications". Journal of Computational Biology. 15 (7): 705-719. doi:10.1089/cmb.2007.0119. PMID 18651800.
^ Eng (2013). "Comet: An open-source MS/MS sequence database search tool". Proteomics. 13 (1): 22-24. doi:10.1002/pmic.201200439. ISSN 1615-9853. PMID 23148064.
^ Diament (2011). "Faster SEQUEST Searching for Peptide Identification from Tandem Mass Spectra". Journal of Proteome Research. 10 (9): 3871-3879. doi:10.1021/pr101196n. ISSN 1535-3893. PMC 3166376 $2. PMID 21761931.
^ "Inspect and MS-Alignment".
^ Perkins (1999). "Probability-based protein identification by searching sequence databases using mass spectrometry data". Electrophoresis. 20 (18): 3551-67. doi:10.1002/(SICI)1522-2683(19991201)20:18<3551::AID-ELPS3551>3.0.CO;2-2. PMID 10612281.
^ Tabb (2007). "MyriMatch: Highly Accurate Tandem Mass Spectral Peptide Identification by Multivariate Hypergeometric Analysis". Journal of Proteome Research. 6 (2): 654-61. doi:10.1021/pr0604054. PMC 2525619 $2. PMID 17269722.
^ Sabareesh (2013). "Mass spectrometry based lipid(ome) analyzer and molecular platform: a new software to interpret and analyze electrospray and/or matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometric data of lipids: a case study from Mycobacterium tuberculosis". Journal of Mass Spectrometry. 48 (4): 465-477. doi:10.1002/jms.3163. ISSN 1096-9888. PMID 23584940.
^ Liang, C; Smith, JC; Hendrie, Christopher (2003). "A Comparative Study of Peptide Sequencing Software Tools for MS/MS".
^ Colinge (2003). "OLAV: Towards high-throughput tandem mass spectrometry data identification". Proteomics. 3 (8): 1454-63. doi:10.1002/pmic.200300485. PMID 12923771.
^ Zhang (2006). "A novel scoring schema for peptide identification by searching protein sequence databases using tandem mass spectrometry data". BMC Bioinformatics. 7 (1): 222. doi:10.1186/1471-2105-7-222. ISSN 1471-2105. PMC 1463009 $2. PMID 16638152.
^ Xu (2015). "ProLuCID: An improved SEQUEST-like algorithm with enhanced sensitivity and specificity". Journal of Proteomics. 129: 16-24. doi:10.1016/j.jprot.2015.07.001. ISSN 1874-3919. PMC 4630125 $2. PMID 26171723.
^ Alves (2007). "RAId_DbS: peptide identification using database searches with realistic statistics". Biol Direct. 2: 25. doi:10.1186/1745-6150-2-25. PMC 2211744 $2. PMID 17961253.
^ Jimmy K. Eng (1994). "An Approach to Correlate Tandem Mass Spectral Data of Peptides with Amino Acid Sequences in a Protein Database". J Am Soc Mass Spectrom. 5 (11): 976-989. doi:10.1016/1044-0305(94)80016-2. PMID 24226387.
^ Hricovíni (1991). "Nuclear overhauser effects and the flexibility of saccharides: methyl β-xylobioside". Carbohydrate Research. 210: 13-20. doi:10.1016/0008-6215(91)80109-Z. ISSN 0008-6215. PMID 1878875.
^ Novak (2013). "On Comparison of SimTandem with State-of-the-Art Peptide Identification Tools, Efficiency of Precursor Mass Filter and Dealing with Variable Modifications". Journal of Integrative Bioinformatics. 10 (3): 1-15. doi:10.1515/jib-2013-228.
^ Bartels (31 Mayıs 1990). "Fast algorithm for peptide sequencing by mass spectroscopy". Biological Mass Spectrometry. 19 (6): 363-368. doi:10.1002/bms.1200190607. PMID 24730078.

Dış bağlantılar[değiştir | kaynağı değiştir]

Curlie'de Mass Spectrometry Software (DMOZ tabanlı)

[1] Cree (Kasım 2019). "Effect of elevated temperature on eggshell, eggshell powder and eggshell powder mortars for masonry applications". Journal of Building Engineering. 26: 100852. doi:10.1016/j.jobe.2019.100852. ISSN 2352-7102.

[Kou2016-2] u (2016). "TopPIC: a software tool for top-down mass spectrometry-based proteoform identification and characterization". Bioinformatics. 32 (22): 3495-3497. doi:10.1093/bioinformatics/btw398. ISSN 1460-2059. PMC 5181555 $2. PMID 27423895.

[Kou2017-3] u (2017). "A mass graph-based approach for the identification of modified proteoforms using top-down tandem mass spectra". Bioinformatics. 33 (9): 1309-1316. doi:10.1093/bioinformatics/btw806. ISSN 1460-2059. PMC 5860502 $2. PMID 28453668.

[CoxNeuhauser2011-4] Cox (2011). "Andromeda: A Peptide Search Engine Integrated into the MaxQuant Environment". Journal of Proteome Research. 10 (4): 1794-1805. doi:10.1021/pr101065j. ISSN 1535-3893. PMID 21254760.

[5] Bern (2007). "Lookup Peaks: A Hybrid of de Novo Sequencing and Database Search for Protein Identification by Tandem Mass Spectrometry". Analytical Chemistry. 79 (4): 1393-1400. doi:10.1021/ac0617013. PMID 17243770.

[6] Bern (2008). "Improved Ranking Functions for Protein and Modification-Site Identifications". Journal of Computational Biology. 15 (7): 705-719. doi:10.1089/cmb.2007.0119. PMID 18651800.

[EngJahan2013-7] Eng (2013). "Comet: An open-source MS/MS sequence database search tool". Proteomics. 13 (1): 22-24. doi:10.1002/pmic.201200439. ISSN 1615-9853. PMID 23148064.

[DiamentNoble2011-8] Diament (2011). "Faster SEQUEST Searching for Peptide Identification from Tandem Mass Spectra". Journal of Proteome Research. 10 (9): 3871-3879. doi:10.1021/pr101196n. ISSN 1535-3893. PMC 3166376 $2. PMID 21761931.

[Inspect-9] "Inspect and MS-Alignment".

[10] Perkins (1999). "Probability-based protein identification by searching sequence databases using mass spectrometry data". Electrophoresis. 20 (18): 3551-67. doi:10.1002/(SICI)1522-2683(19991201)20:18<3551::AID-ELPS3551>3.0.CO;2-2. PMID 10612281.

[11] Tabb (2007). "MyriMatch: Highly Accurate Tandem Mass Spectral Peptide Identification by Multivariate Hypergeometric Analysis". Journal of Proteome Research. 6 (2): 654-61. doi:10.1021/pr0604054. PMC 2525619 $2. PMID 17269722.

[12] Sabareesh (2013). "Mass spectrometry based lipid(ome) analyzer and molecular platform: a new software to interpret and analyze electrospray and/or matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometric data of lipids: a case study from Mycobacterium tuberculosis". Journal of Mass Spectrometry. 48 (4): 465-477. doi:10.1002/jms.3163. ISSN 1096-9888. PMID 23584940.

[13] Liang, C; Smith, JC; Hendrie, Christopher (2003). "A Comparative Study of Peptide Sequencing Software Tools for MS/MS".

[pmid12923771-14] Colinge (2003). "OLAV: Towards high-throughput tandem mass spectrometry data identification". Proteomics. 3 (8): 1454-63. doi:10.1002/pmic.200300485. PMID 12923771.

[ZhangSun2006-15] Zhang (2006). "A novel scoring schema for peptide identification by searching protein sequence databases using tandem mass spectrometry data". BMC Bioinformatics. 7 (1): 222. doi:10.1186/1471-2105-7-222. ISSN 1471-2105. PMC 1463009 $2. PMID 16638152.

[XuPark2015-16] Xu (2015). "ProLuCID: An improved SEQUEST-like algorithm with enhanced sensitivity and specificity". Journal of Proteomics. 129: 16-24. doi:10.1016/j.jprot.2015.07.001. ISSN 1874-3919. PMC 4630125 $2. PMID 26171723.

[17] Alves (2007). "RAId_DbS: peptide identification using database searches with realistic statistics". Biol Direct. 2: 25. doi:10.1186/1745-6150-2-25. PMC 2211744 $2. PMID 17961253.

[Eng_1994-18] Jimmy K. Eng (1994). "An Approach to Correlate Tandem Mass Spectral Data of Peptides with Amino Acid Sequences in a Protein Database". J Am Soc Mass Spectrom. 5 (11): 976-989. doi:10.1016/1044-0305(94)80016-2. PMID 24226387.

[HricovíniTvaroška1991-19] Hricovíni (1991). "Nuclear overhauser effects and the flexibility of saccharides: methyl β-xylobioside". Carbohydrate Research. 210: 13-20. doi:10.1016/0008-6215(91)80109-Z. ISSN 0008-6215. PMID 1878875.

[NovakJ_2013-20] Novak (2013). "On Comparison of SimTandem with State-of-the-Art Peptide Identification Tools, Efficiency of Precursor Mass Filter and Dealing with Variable Modifications". Journal of Integrative Bioinformatics. 10 (3): 1-15. doi:10.1515/jib-2013-228.

[21] Bartels (31 Mayıs 1990). "Fast algorithm for peptide sequencing by mass spectroscopy". Biological Mass Spectrometry. 19 (6): 363-368. doi:10.1002/bms.1200190607. PMID 24730078.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

[19]

[20]

[21]

Kütle spektrometrisi yazılımları listesi nedir?, Kütle spektrometrisi yazılımları listesi anlamı nedir?, Kütle spektrometrisi yazılımları listesi ne demektir?