ChemSpider, kimyasal maddelerin bir veritabanıdır. ChemSpider, Kraliyet Kimya Derneği'ne (Royal Society of Chemistry) aittir.^{[3][4][5][6][7]}

Veri tabanı[değiştir | kaynağı değiştir]

Veritabanı, aşağıdakiler dahil 270'ten fazla veri kaynağından 100 milyondan fazla molekül içerir.^[8]

• EPA DSSTox^[9]
• ABD Gıda ve İlaç Dairesi (FDA)
• İnsan Metabolom Veritabanı
• Heterosiklik Kimya Dergisi
• KEGG
• KUMGM
• LeadScope
• LipidMAPS
• Marinlit
• MDPI
• MICAD
• MLSMR
• MMDB
• MOLI
• MTDP
• Nanojen
• Doğa Kimyasal Biyoloji
• NCGC
• Ulusal Alerji ve Bulaşıcı Hastalıklar Enstitüsü (NIAID)
• Ulusal Sağlık Enstitüleri (NIH)
• NINDS Onaylı İlaç Tarama Programı
• Ulusal Standartlar ve Teknoloji Enstitüsü (NIST)
• NIST Kimya Web Kitabı
• NMMLSC
• NMR Kaydırma DB
• PANACHE
• PCMD
• PDSP
• Peptitler
• Geleceğin Prous Science İlaçları
• QSAR
• Ar-Ge Kimyasalları
• San Diego Kimyasal Genomik Merkezi
• SGCOxCompounds, SGCStoCompounds
• SMID
• Teknik Özellikler
• Yapısal Genomik Konsorsiyumu
• SureChem
• Synthon-Lab
• Thomson Pharma
• Toplam TOSLab Yapı Taşları
• UM-BBD
• UPCMLD
• KullanışlıChem
• Web of Science
• xPharm

Her kimyasala, karşılık gelen bir URL'nin parçasını oluşturan benzersiz tanıtıcı (unique identifier) verilir. Örneğin, aseton 175'tir ve bu nedenle http://www.chemspider.com/Chemical-Structure.175.html 25 Ocak 2021 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. URL'sine sahiptir.

Kitle kaynak kullanımı[değiştir | kaynağı değiştir]

ChemSpider veritabanı, kimyasal yapı biriktirme, spektrum biriktirme ve kullanıcı küratörlüğü dahil olmak üzere kullanıcı katkılarıyla güncellenebilmektedir. Bu, çevrimiçi bir kimya veritabanı geliştirmek için kitle kaynaklı bir yaklaşımdır. Verilerin kitle kaynaklı küratörlüğü, biyomedikal ve kimya literatürünün metin madenciliği uygulamalarında kullanılan kimyasal yapılarla ilişkili bir kimyasal isim sözlüğü üretti.^[10]

Ancak, veritabanı haklarından feragat edilmez ve veri indirme olanağı mevcut değildir; Aslında, SSS yalnızca sınırlı indirmelere izin verildiğini bile belirtilmiştir:^[11] Bu nedenle çatallama hakkı garanti edilmez ve proje özgür / açık olarak değerlendirilemez.

Araştırma[değiştir | kaynağı değiştir]

Bir dizi mevcut arama modülü sağlanmıştır:

• Standart arama, sistematik isimler, ticari isimler, eşanlamlılar ve kayıt numaraları için sorgulamaya izin verir.
• Gelişmiş arama, moleküler formül ve moleküler ağırlık aralığı, CAS Kayıt Numaraları (Chemical Abstracts Service), tedarikçiler vb. kullanarak kimyasal yapıya, kimyasal altyapıya göre etkileşimli aramaya izin verir. Arama, bulunan sonuçları genişletmek veya kısıtlamak için kullanılabilir.
• Mobil cihazlarda yapı araması, iOS (iPhone / iPod / iPad)^[12] ve Android işletim sistemleri için ücretsiz uygulamalar kullanılarak yapılabilir.^[13]

Kimya belgesi işaretlemesi[değiştir | kaynağı değiştir]

ChemSpider veritabanı, kimya belgesi işaretlemesinin temeli olarak metin madenciliği ile birlikte kullanılmıştır. ChemMantis, Kimya İşaretleme ve İsimlendirme Dönüşümü Entegre Sistemi, belgelerden ve web sayfalarından kimyasal isimleri tanımlamak ve çıkarmak için algoritmalar kullanır ve ChemSpider veri tabanındaki isim-yapı dönüştürme algoritmalarını ve sözlük aramalarını kullanarak kimyasal isimleri kimyasal yapılara dönüştürür. Sonuç olarak, ChemSpider aracılığıyla 150'den fazla veri kaynağında kimya dokümanları üzerine bilgi arama sağlayan entegre bir sistem oluşturulmuştur.

Tarihçe[değiştir | kaynağı değiştir]

ChemSpider, Royal Society of Chemistry (RSC) tarafından Mayıs 2009'da^[14] satın alındı. RSC tarafından satın alınmadan önce, ChemSpider özel bir şirket olan ChemZoo Inc. tarafından kontrol ediliyordu. Sistem ilk olarak Mart 2007'de beta sürüm şeklinde piyasaya sürüldü ve Mart 2008'de piyasaya asıl sürümünü gerçekleştirdi. ChemSpider, bir kimya veritabanının genel desteğini, WiChempedia uygulaması aracılığıyla Vikipedi kimyasal yapı koleksiyonunun desteğini içerecek şekilde genişletti.

Hizmetler[değiştir | kaynağı değiştir]

Sistemin bir dizi hizmeti çevrimiçi olarak sunulur. Bunlar arasında kimyasal adların kimyasal yapılara dönüştürülmesi, SMILES ve InChI dizilerinin oluşturulması ve birçok fiziksel kimya parametresinin tahmin edilmesi ve Nükleer manyetik rezonans (NMR) tahminine izin veren bir web hizmetine entegrasyon yer alır.

Sentetik Sayfalar[değiştir | kaynağı değiştir]

SyntheticPages, Royal Society of Chemistry tarafından işletilen sentetik kimya prosedürlerinin ücretsiz, etkileşimli bir veritabanıdır.^[15]

Kullanıcılar kendi yaptıkları sentetik prosedürleri sitede yayınlanmak üzere sunarlar. Bu prosedürler orijinal çalışmalar olabilir, ancak daha çok literatüre dayanmaktadır. Orijinal yayınlanmış prosedüre atıflar uygun olduğunda yapılır. Yayınlanmadan önce bilimsel bir editör tarafından kontrol edilirler. Sayfalar, bilimsel bir dergi makalesi gibi resmî hakem incelemesinden geçmez, ancak oturum açmış kullanıcılar tarafından yorum yapılabilir. Yorumlar ayrıca bilimsel editörler tarafından yönetilmektedir. Amaç, laboratuvarda yararlı kimyasal sentezin nasıl yapılacağına dair pratik deneyim toplamaktır. Sıradan bir akademik dergide yayınlanan deneysel yöntemler resmî olarak kısaca listelenirken, ChemSpider SyntheticPages'deki prosedürler daha pratik ayrıntılarla verilmektedir. Kayıt dışılık teşvik edilir. Gönderenlerin yorumları da buna dahildir. Karşılaştırılabilir miktarda ayrıntıya sahip diğer yayınlar arasında Organik Sentezler ve İnorganik Sentezler sayılabilir. SyntheticPages sitesi ilk olarak Profesörler Kevin Booker-Milburn (Bristol Üniversitesi), Stephen Caddick (University College London), Peter Scott (Warwick Üniversitesi) ve Dr Max Hammond tarafından kurulmuştur.

Şubat 2010'da ChemSpider | SyntheticPages (CS | SP) oluşumuyla birleşme duyuruldu.^[16]

OpenPHACTS[değiştir | kaynağı değiştir]

ChemSpider, bir Yenilikçi İlaç Girişimi olan OpenPHACTS projesinin bir parçası olarak kimyasal bileşik deposu olarak da hizmet vermektedir. Open PHACTS, küçük moleküllü ilaç keşiflerindeki -farklı bilgi kaynakları, standartların eksikliği ve aşırı bilgi yüklemesi gibi- darboğazları ele almak için açık standartlar, açık erişim, anlamsal ağ yaklaşımı uygulamaktadır.^[17]

Ayrıca bakınız[değiştir | kaynağı değiştir]

• Ulusal Standartlar ve Teknoloji Enstitüsü (NIST)
• PubChem
• DrugBank

Kaynakça[değiştir | kaynağı değiştir]