AutoDock nedir?, AutoDock anlamı nedir?, AutoDock ne demektir?

AutoDock

Vikipedi, özgür ansiklopedi

AutoDock & AutoDock Vina
Geliştirici(ler)	Scripps Araştırma Enstitüsü
İlk yayınlanma	1989 (35 yıl önce) (1989)
Güncel sürüm	4.2.6 (AutoDock), 1.1.2 (AutoDock Vina) / 2014 (10 yıl önce) (2014) (AutoDock), 2011 (13 yıl önce) (2011) (AutoDock Vina)
Programlama dili	C++, C
İşletim sistemi	Linux, Mac OS X, SGI IRIX, ve Microsoft Windows
Platform	Çoklu
Erişilebilirlik	İngilizce
Tür	Protein–ligand yanaştırma
Resmî sitesi	autodock.scripps.edu (AutoDock) vina.scripps.edu (AutoDock Vina)

AutoDock moleküler modelleme simülasyon yazılımıdır. Protein-ligand yanaştırma için özellikle etkilidir. AutoDock 4, GNU Genel Kamu Lisansı altındadır. AutoDock, araştırma topluluğunda en çok alıntı yapılan yanaştırma yazılımı uygulamalarından biridir. Bu program aynı zamanda World Community Grid tarafından yürütülen FightAIDS@Home projesi için bir üstür. Şubat 2007'de, ISI Atıf Dizini'nde yapılan bir araştırma, birincil AutoDock yöntem kağıtları kullanılarak 1.100'den fazla yayınının Autodock'a atıfta bulunduğunu gösterdi. 2009 itibarıyla bu sayı 1.200'ü aştı.

AutoDock Vina, doğruluk ve performans açısından önemli ölçüde geliştirilmiş AutoDock halefidir.^[1] Vina Apache lisansı ile edinilebilir.

Hem AutoDock hem de Vina şu anda Scripps Araştırma Enstitüsü, özellikle de Moleküler Grafik Laboratuvarı (Dr. Arthur J. Olson), tarafından sürdürülmektedir.^[2]^[3]

Programlar[değiştir | kaynağı değiştir]

AutoDock iki ana programdan oluşur:^[4]

Ligandın hedef proteini tanımlayan bir dizi ızgaraya yanaştırılması için AutoDock;
Bu ızgaraları önceden hesaplamak için AutoGrid (Grid İngilizcede ızgara anlamına gelir).

AutoDock kullanımı, HIV1 entegraz inhibitörleri dahil olmak üzere birçok ilacın keşfine katkıda bulunmuştur.^[5]

Platform desteği[değiştir | kaynağı değiştir]

AutoDock, Linux, Mac OS X, SGI IRIX ve Microsoft Windows üzerinde çalışır.^[6] Debian,^[7]^[8] Fedora,^[9] ve Arch Linux dahil olmak üzere çeşitli Linux dağıtımlarında paket olarak mevcuttur.^[10]

Ayrıca bakınız[değiştir | kaynağı değiştir]

Kaynakça[değiştir | kaynağı değiştir]

^ AutoDock Vina: Improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization, and multithreading, 2010
^ "Arşivlenmiş kopya". 4 Ocak 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.
^ "Arşivlenmiş kopya". 1 Ocak 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.
^ Critical assessment of the automated AutoDock as a new docking tool for virtual screening
^ "Arşivlenmiş kopya". 31 Ağustos 2016 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.
^ "Arşivlenmiş kopya". 13 Ocak 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.
^ "Arşivlenmiş kopya". 1 Ocak 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.
^ "Arşivlenmiş kopya". 1 Ocak 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.
^ "Arşivlenmiş kopya". 1 Ocak 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.
^ "Arşivlenmiş kopya". 1 Ocak 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.

Dış bağlantılar[değiştir | kaynağı değiştir]

AutoDock ana sayfası13 Ocak 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
AutoDock Vina ana sayfası8 Ocak 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.

Bilgisayarlı kimya yazılımları

Kemoinformatik

Özgür	Avalon Cheminformatics Toolkit Bioclipse Blue Obelisk Chemistry Development Kit ECCE JOELib OELib Open Babel RDKit
Sahipli	Canvas Chemicalize Discovery Studio

Kimyasal kinetik

Özgür yazılım	APBS Cantera KPP
Sahipli	Autochem Chemical WorkBench CHEMKIN COSILAB DelPhi Khimera

Moleküler modelleme
ve
görselleştirme

Moleküler grafik sistemleri listesi

Özgür yazılım	Ascalaph Designer Avogadro BALL Biskit Gabedit Ghemical Jmol Molekel PyMOL QuteMol RasMol
Sahipli	Abalone ACD/ChemSketch Atomistix ToolKit ChemDraw ChemWindow EzMol Gaussian Maestro MarvinSketch MarvinView MODELLER Molecular Operating Environment SAMSON Spartan UCSF Chimera VMD

Moleküler yanaştırma

Protein-ligand yanaştırma yazılımları listesi

Özgür yazılım	AutoDock AutoDock Vina FlexAID rDock
Sahipli	Glide LeDock Molecular Operating Environment

Moleküler dinamik

Özgür yazılım	CP2K GROMACS LAMMPS OpenMM PLUMED
Sahipli	Abalone AMBER CHARMM CPMD Desmond GROMOS NAMD

Kuantum kimyası

Kuantum kimyası ve katı hal fiziği yazılımları listesi

Özgür yazılım	ABINIT ACES (CFOUR) AIMAll BigDFT COLUMBUS CONQUEST CP2K Dalton DIRAC DP code FLEUR FreeON MADNESS MOPAC MPQC NWChem Octopus OpenMolcas PARSEC PSI PyQuante PySCF Quantum ESPRESSO (PWscf) RMG SIESTA VB2000 YAMBO code
Sahipli	ADF AMPAC DMol3 CADPAC CASINO CASTEP CPMD CRUNCH CRYSTAL Firefly GAMESS (UK) GAMESS (US) Gaussian Jaguar MOLCAS MOLPRO ONETEP OpenAtom ORCA PLATO PQS Q-Chem Quantemol Scigress Spartan TeraChem TURBOMOLE VASP WIEN2k XMVB

İskelet yapısı çizimi

Özgür yazılım	JChemPaint Molsketch XDrawChem
Sahipli	ACD/ChemSketch BIOVIA Draw ChemDoodle ChemDraw ChemWindow JME Molecule Editor MarvinSketch

Diğer

Aqion
Eulim
EXC code
GenX
GSim
Mercury
CrystalExplorer
ICM (ICM-Browser)
Materials Studio
Molden
OpenChrom
SASHIMI

"https://tr.wikipedia.org/ansiklopedi/AutoDock&oldid=31668200" sayfasından alınmıştır

Kategori:

Simülasyon yazılımları

Gizli kategori:

Webarşiv şablonu wayback bağlantıları

AutoDock nedir?AutoDock anlamı nedir?AutoDock ne demektir?

AutoDock nedir?, AutoDock anlamı nedir?, AutoDock ne demektir? Nedir? :AutoDock nedir?, AutoDock anlamı nedir?, AutoDock ne demektir? ile ilgili AutoDock nedir?, AutoDock anlamı nedir?, AutoDock ne demektir? burada bulabilirsiniz. Detaylar için sitemizi geziniz AutoDock nedir?, AutoDock anlamı nedir?, AutoDock ne demektir? Ne Demektir? AutoDock nedir?, AutoDock anlamı nedir?, AutoDock ne demektir? Açıklaması Nedir? AutoDock nedir?, AutoDock anlamı nedir?, AutoDock ne demektir? Cevabı Nedir? AutoDock nedir?, AutoDock anlamı nedir?, AutoDock ne demektir? Kelimesinin Anlamı? AutoDock nedir?, AutoDock anlamı nedir?, AutoDock ne demektir? konusu Nedir Ne, yaşantımızda sık kullanılan kelimelerden birisi olarak karşımıza çıkar. Hem sosyal medyada hem de gündelik yaşantıda kullanılan ne kelimesi, uzun yıllardan beri dilimizdedir. AutoDock nedir?, AutoDock anlamı nedir?, AutoDock ne demektir? Türk Dil Kurumu na (TDK) göre farklı anlamları olan ne kelimesi, Türkçe de tek başına ya da çeşitli cümleler eşliğinde kullanılabilir. AutoDock nedir?, AutoDock anlamı nedir?, AutoDock ne demektir? Ne kelimesi ne demek, TDK ya göre anlamı nedir sorularının cevabını arayanlar için bildiris.com doğru adres! Peki, ne kelimesi ne demek, TDK ye göre anlamı nedir? AutoDock nedir?, AutoDock anlamı nedir?, AutoDock ne demektir? Ne kelimesinin kökeni ne, ne kelimesinin kaç anlamı var? AutoDock nedir?, AutoDock anlamı nedir?, AutoDock ne demektir? İşte TDK bilgileri ile merak edilenler
AutoDock nedir?, AutoDock anlamı nedir?, AutoDock ne demektir? Açıklaması? :AutoDock nedir?, AutoDock anlamı nedir?, AutoDock ne demektir? Açıklama Bir Terim Kavram Ya Da Başka Dilsel Olgunun Daha İyi Anlaşılması İçin Yapılan Ek Bilgidir.AutoDock nedir?, AutoDock anlamı nedir?, AutoDock ne demektir? Söz Konusu Bilgi Açıklanacak Sözcükten Daha Uzun Olur AutoDock nedir?, AutoDock anlamı nedir?, AutoDock ne demektir? Açıklama İle İlgili Durumun Kanıtı Şu Şekilde Doğrulanabilir AutoDock nedir?, AutoDock anlamı nedir?, AutoDock ne demektir? Bir Sözlükteki Tanım İlgili Sözcük Yerine Kullanılabilirse, Bu Bir Açıklamadır. AutoDock nedir?, AutoDock anlamı nedir?, AutoDock ne demektir? Yani Aynı Bağlam İçinde Hem Sözcük Hem De Tanım Kullanılırsa Ve Anlamsal Açıdan Bir Sorun Oluşturmuyorsa Bu Bir Açıklamadır.
AutoDock nedir?, AutoDock anlamı nedir?, AutoDock ne demektir? Gerçek mi? :AutoDock nedir?, AutoDock anlamı nedir?, AutoDock ne demektir? ile ilgili AutoDock nedir?, AutoDock anlamı nedir?, AutoDock ne demektir? burada bulabilirsiniz. Detaylar için sitemizi geziniz Gerçek anlam AutoDock nedir?, AutoDock anlamı nedir?, AutoDock ne demektir? sözcüklerin birincil anlamı ile (varsa) bu anlamla doğrudan ilişkili olan anlamlarıdır. Gerçek anlam, temel anlam ile yan anlamların bileşkesidir. AutoDock nedir?, AutoDock anlamı nedir?, AutoDock ne demektir? Bir sözcüğün mecaz olmayan tüm anlamlarını kapsar.
AutoDock nedir?, AutoDock anlamı nedir?, AutoDock ne demektir? Hakkında? :AutoDock nedir?, AutoDock anlamı nedir?, AutoDock ne demektir? ile ilgili AutoDock nedir?, AutoDock anlamı nedir?, AutoDock ne demektir? burada bulabilirsiniz. AutoDock nedir?, AutoDock anlamı nedir?, AutoDock ne demektir? Detaylar için sitemizi geziniz AutoDock nedir?, AutoDock anlamı nedir?, AutoDock ne demektir? Bu sayfada Hakkında nedir Hakkında ne demek Hakkında ile ilgili sözler cümleler bulmaca kısaca Hakkında anlamı tanımı açılımı Hakkında hakkında bilgiler AutoDock nedir?, AutoDock anlamı nedir?, AutoDock ne demektir? resimleri Hakkında sözleri yazıları kelimesinin sözlük anlamı nedir almanca ingilizce türkçe çevirisini bulabilirsiniz